1. 个体染色标记法
使用实验动物专用标记笔，适合大鼠、小鼠、兔子等实验动物使用。采用先左后右，从上到下。一般把涂在左前腿上的计为1号，左侧腹部计为2号，左后腿为3号，头顶部计为4号，腰背部为5号，尾基部为6号，右前腿为7号，右侧腰部为8号，右后腿计为9号。若动物编号超过10或更大数字时，可使用上述两种不同颜色的溶液，即把一种颜色作为个倍数，另一种颜色作为十位数，这种交互使用可编到99号.
2. 大小鼠耳号钳标记法
耳标记需要一个特殊的喷头将“耳环”或金属标签，用鼠标或鼠耳的耳廓识别号码。由于标签是比较大的老鼠耳朵的迅速发展，耳标签主要用于断奶和年纪较大的老鼠。应始终使用前消毒器头端和耳标。
3. 剪趾法
用剪刀按编号规则剪去大、小鼠脚趾，用干棉球止血后，再用碘酒消毒；后脚趾从左到右（腹面面向操作者）依次为1、2、3至10；前脚趾从左到右（腹面面向操作者）依次为20、30、40至90。
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4. 大小鼠尾部自动编码标记方法
大、小鼠尾部自动标号仪是目前国内外较先进的一款自动编码系统。该系统的显著的特点就是标号清楚、号码持久、简单灵活、操作方便。这套系统是在人类刺青技术的启发下研制成功的，可用英文和数字组合成三位以下编码，手动、自动随意转换，彩色触摸屏操作，有退格、取消功能。设置简单方便、接触动物体内组织的材料均使用一次性无菌材料（刺针、针导管、色料杯），色料采用经特殊处理的进口文身色料，，保证了使用效果和动物的自身安全。
